滅菌是水果加工生產線生產產品的重要一步。滅菌方法取決于食物的性質。滅菌方法包括超高溫瞬時滅菌，高壓滅菌，低溫滅菌，巴氏滅菌，微波滅菌和紫外線滅菌。
高溫瞬時滅菌也可稱為UHT滅菌。一般加熱溫度為125-150℃，加熱時間為2-8s，加熱后的產品滿足無菌要求。該滅菌方法可瞬間達到滅菌目的，滅菌效果特別好，滅菌要求幾乎達到或接近滅菌，所引起的化學變化小。具有提高加工能力、節約能源、減少設備體積、穩定產品質量、對設備進行現場不拆循環清洗等優點。
高壓滅菌是指食品在包裝后放入液體介質中，滅菌要求通過100-1000MPa的壓力實現一段時間。低溫滅菌是指對食品中的微生物進行部分滅菌的加熱方法，通常在100℃以下的溫度下進行。滅菌食品通常需要通過冷藏，發酵，添加添加劑，脫氧等進行處理。這種滅菌方法通常用于果汁飲料和保質期短的產品。
巴氏殺菌是很早的滅菌方法。巴氏滅菌使用熱水作為傳熱介質，滅菌溫度約為60-75度。把溫度控制在一定范圍，通過加熱和變冷來控制細菌繁殖。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。由于需要很長時間并且滅菌不理想，這種滅菌方法很少用于大中型食品生產。
微波殺蟲滅菌是使食品中的微生物，在微波作用下使其體內蛋白質和生理活動物質發生變異，從而達到食品滅菌、保鮮的目的。微波殺菌是微波處理食物的過程，使食物中的微生物失去活力或死亡。
紫外線殺菌是利用紫外線，因其波長在兩百四十到兩百八十納米范圍內，可以破壞細菌病毒中的脫氧核糖核酸或核糖核酸的分子結構，造成生長性細胞死亡或再生性細胞死亡，達到殺菌消毒的效果。紫外線殺菌作用是紫外線促進細胞質變性的殺菌作用，特別是抑制脫氧核糖核酸復制和細胞分裂，導致微生物細胞受損甚至死亡。
水果加工生產線不同的滅菌方式是針對水果特性的多樣化和生產制造的不同產品來使用的，正確的使用滅菌方法不僅可以增加產品在市場上的競爭力，還可以減少因為某種情況對企業帶來不良影響的概率。