水果加工生產線對果汁加工原料清潔度的要求主要是指水果原料表面和內部的初始細菌含量和農藥殘留。在果汁加工原料污垢中，污垢中含有大量微生物，有些原料與樹葉、小樹汁或包裝材料混合，有些水果被損壞或水果表面被污垢覆蓋。它在儲存過程中容易迅速腐爛，因此清潔和去除雜質是非常重要的過程。確定果汁加工材料的儲存性能的較重要因素是購買時材料的初始細菌含量。細菌的含量也決定了保存（滅菌）的效果和持續時間，從而確保了果汁的質量。目前，世界各國對果汁中農藥殘留的要求非常嚴格。特別是一些特殊食品不允許含有農藥殘留，如嬰兒食品和保健食品。
限制水果加工生產線果汁原料中農藥殘留的全部途徑，是果蔬汁生產商與果蔬原料供應商簽訂合同，確保他們能夠有效監控果蔬原料供應商的所有種植方式，使果蔬原料中的農藥殘留不超過合同規定的較高限量。果汁生產企業在執行合同時，只允許原料供應商使用經檢驗的、國家標準化的、規定濃度的植保劑。使用這些除害劑時，應預先設定時間間隔。盡早預防水果病蟲害(冬季噴霧和生長的葉子)。葉片生長后，應結合生物防治措施，有針對性地進行噴灑作業，而不是一般的噴灑作業，如果可能，根本不進行噴灑作業。同時，果汁企業應努力提高果汁加工原料的清潔度，提高果汁加工原料的清潔度。
水果加工生產線中已經腐壞或開始腐壞的果汁原料不能用于制作果汁；如果原料儲存倉庫里的很多果汁加工原料已經嚴重腐壞，但但是去除腐壞的果實是遠遠不夠的。此時，腐爛水果的味道和氣味物質已經進入健康水果的內部。一般來說，堆放在儲藏空間的果汁原料已經失去了加工價值。因此，被各種腐壞菌和昆蟲幼蟲侵入的果汁原料會受到破壞。無論從《食品衛生法》的規定，還是從消費者的利益考慮，這些原料制成的果汁不衛生，感官質量差，不能作為果汁加工原料。如果果汁加工材料因非寄生而損壞，如采摘和運輸過程中的影響，或冰雹或冰凍造成的損壞，果汁加工材料一旦受傷應立即處理，否則不能使用。
通常來說，水果變壞的的原因可以分成三類：一是由于磕碰引起的機械性損傷；二是由于低溫引起的受傷；三是由于微生物侵染引起的霉變腐爛。果豐公司認為水果選用新鮮的不但是為了維護企業良好的信譽，也是維持人與人之間信任的體現。