水果加工生產線對果汁加工原料潔凈度的要求主要是指水果原料表面和內部初始細菌含量及農藥殘留量滿足要求。在果汁加工原料污垢中，污垢中含有大量微生物，有些原料與樹葉、小樹汁或包裝材料混合，有些水果受損或果實表面覆蓋有污垢。 在儲存過程中很容易很快腐壞，因此清洗和去除雜質是非常重要的過程。決定果汁加工原料貯存性能的較重要因素是采購時原料的初始細菌含量。細菌的含量也決定了保存（滅菌）的效果與期限，從而保證了果汁的質量。目前世界各國對果汁中農藥殘留的要求非常嚴格。 特別是一些特殊食品不允許含有農藥殘留，如嬰兒食品、保健食品。
限制水果加工生產線果汁原料農藥殘留的只有辦法就是果蔬汁廠家與果蔬原料供應商簽訂合同，確保加工企業能夠有效監督果蔬原料供應商所有種植措施，使果蔬原料中農藥殘留不會超過合同規定的較大限度。果汁生產企業在執行合同時，應只允許原料供應商使用經過檢測、國家標準化、規定濃度的植物保護劑。施用這些農藥時，應提前設定時間間隔。盡可能早地阻止水果上的病蟲害（冬季噴灑和生長中的葉片）。葉片生長后，應結合生物防治措施，進行有針對性的噴藥作業，而不是一般的噴藥作業，如果可能，完全不噴藥。同時，果汁企業應努力提高對果汁加工原料的清潔，提高果汁加工原料的潔凈度。
已經腐壞或開始腐壞的水果加工生產線果汁原料是不能用來制作果汁的；如果原料儲存倉庫里的許多果汁加工原料已經嚴重腐壞，只只去除腐壞的水果是遠遠不夠的。因為這時，腐爛水果的味道和氣味物質已經進入健康水果的內部。一般來說，整個堆放在儲存空間的果汁原料已經失去了加工價值。所以，受到各類腐壞病菌的侵害、昆蟲幼蟲嚴重侵襲的果汁原料都會受到損害。無論是《食品衛生法》的規定還是消費者的利益，這些原料制作的果汁不衛生，感官質量也差，不能用作果汁加工原料。如果果汁加工材料因非寄生而損壞，如采摘和運輸過程中的影響，或冰雹或冰凍造成的損壞，該果汁加工材料一旦受傷應立即加工，否則不能使用。
水果的潔凈度和完好度決定著果汁的較終品質，生產果汁的企業切忌不能以次充好，食品安全問題不單單是某一部分人的責任，更是人與人之間的信任和道德。如果想了解更多關于水果加工生產線對果汁加工原料的相關知識，歡迎前來咨詢。